Etwa 300 Jahre nach den Ereignissen des Vorgängers haben sich in der Oase, in die einst Caesar seine Artgenossen geführt hat, mehrere Affengesellschaften unabhhängig voneinander entwickelt. Die Menschen sind wieder zu Wilden geworden. Einige Affenclans haben noch nie von Caesar gehört, während andere seinen legendären Ruf nutzen, um seine Lehren für eigennützige Zwecke zu verdrehen. In dieser Zeit versklavt der Affenführer Proximus Caesar (gespielt von Kevin Durand) andere Clans, um eine geheime menschliche Technologie zu finden. Als der Schimpanse Noa (dargestellt von Owen Teague) hilflos mit ansehen muss, wie seine Gruppe entführt wird, begibt er sich gemeinsam mit dem menschlichen Mädchen Mae (gespielt von Freya Allan) auf eine gefährliche Reise, um seine verschleppten Artgenossen aufzuspüren und zu befreien…
